《武装中学生》的舞台为2026年8月的富士演习场。在那里进行实战训练的私立东都防卫学院中等部三年级生，在最后一天参加了以“最终兵器研究”为主题的课外教学活动。但是在那里却发生了一件动摇全日本的大事件，